卜奎清真寺坐落在黑龙江省齐齐哈尔市繁华商业区——卜奎大街一条深巷里，始建于清康熙二十三年 (1684年)，早于卜奎建城七年，故有“先有清真寺，后有卜奎城”之说。
从初建时的几间草房，经过多次修缮、扩建，形成了目前这座省内规模最大、历史最久、具有中华民族特色的伊斯兰宗教建筑。该寺是由山东、河北龙城（齐齐哈尔又一旧称）八旗的回族穆斯林集资修建的。光绪十九年（1893年），卜奎阿訇沙泰恒、学董马石良在当地和外地募捐，并得到高州总兵左宝贵的大力资助，修建了现清真东寺礼拜殿、被清政府发配到卜奎的甘肃十几户属哲赫忍耶的回族穆斯林，因其教规礼仪与格迪目有所不同，成丰二年（1852年）， 集资于清真寺东寺西邻建一清真寺，自称清真西寺。